Можно ли контролировать отнесение плановых затрат (например тр.KPF6) в части материалов собственного изготовления на внутренние заказы. Простыми словами возможно ли настроить FM контролировать процесс планирование затрат так же как контроль бюджета закупок, контроль наличия, контроль списания?

Вы можете только написать свой инструмент для такой проверки, так как план это всего лишь сценарий вашего производства, и планировать вы можете для различных ситуаций свой план, поэтому стандарта для такой ситуации нет.