А) Материал имеет 2 коллектора затрат – на 1 и 2-ой вариант изготовления. Неправильный коллектор на ВИ №2
Б) При проставлении метки удаления отражается ошибка о том, что имеются плановые затраты и метка удаления не ставится
В) При снятии деблокирования через тр. KKF2 отражается сообщение о том, что указанная транзакция не предназначена для снятия деблокирования коллекторов

Сопутствующие вопросы:
Г) Производственные заказы не создавались на указанный период по ВИ№2, в СО-РА (тр.KEPM) объемы по ВИ№2 не планировали, но на коллекторе образовались плановые затраты. Данные по периоду создавались только на ВИ№1
Д) Техническое закрытие коллектора дает его автоматическое использование при фактическом списании

Вероятные варианты решения (как мы предполагаем):
1. найти транзакцию для снятия деблокирования коллекторов
2. найти транзакцию для проставления метки удаления коллекторов
3. если нет вариантов решения по п1 и п2 - создать новый ВИ и создать на него коллектор, ВИ№2 удалить

Попробуйте предварительную калькуляцию на коллекторе сначала удалить (CKR1). А затем уже удалять коллектор.
Или еще можно попробовать статус сообщения изменить с красного на желтое.

Не совсем понятно, зачем вам понадобилось блокировать коллектор. Установка метки устанавливается и без блокировки.
Указанная вами транзакция kkf2 на сколько мне известно используется для Изменения ПроизводствЗаказ СО, к которым так же можно отнести коллектор. Но для редактирования именно коллекторов затрат я бы рекомендовал использовать kkf6n или же в режиме единичной правки kkf8.

Для отражения связанных данных в KKF6N, предусмотрена следующая функция (в меню Перейти к ==> Просмотр заказов/ВарИзгтв) - но не факт, что она покажет все что мешает удалить коллектор.

Д) Техническое закрытие коллектора дает его автоматическое использование при фактическом списании
Что, конкретно вы имели в виду. При установки метки удаления коллектор исключается из всех перерасчетов.

так же поясните, что вы имели в виду: "3. если нет вариантов решения по п1 и п2 - создать новый ВИ и создать на него коллектор, ВИ№2 удалить"

номер заказа - коллектора можно удалить только архивацией

Ну почти только архивацией )), есть еще один способ, но ввиду его кривизны не будем о нем.
Но перед архивацией коллектора, на нем нужно выставить метку удаления, а потом задать индикатор удаления, и потом удалить коллектор архивацией.

Понадобилось ограничить доступ к использованию коллектора затрат несколько сотен пользователей. Т.к. метку удаления установить не удалось, то пробовали технически закрывать. В свою очередь, техническое закрытие не дало ограничить пользователей от списания материалов и работ на коллектор.
KKF6N также ничем не помогла в этом.

"создать новый ВИ и создать на него коллектор, ВИ№2 удалить" - это было наше единственное решение в этой конкретной ситуации.

Удаление калькуляции не помогло.
Статус сообщения пока не меняли.

А что на счет - KKF6N (в меню Перейти к ==> Просмотр заказов/ВарИзгтв), ни дало ни каких результатов?
Так же хотелось бы уточнить каким образом у вас происходит списание материалов и компонентов на коллектор.

KKF6N Перейти к ==> Просмотр заказов/ВарИзгтв: "Коллектору затрат на продукт 52011498 заказы/варианты изготовл. не присвоены." пишет по обоим ВИзготовления на коллекторе

При списании на РР-заказы затраты автоматически контируются на коллектора.

Правильно, ли я понял что коллектору не присвоен вариант изготовления? Маловероятно.
Предлагаю попытаться выставить метку удаления в режиме отладки и посмотреть на что ругается, скорее всего не удалены данные производственных подтверждений, плановые заказы, производственные заказы (их нужно как минимум удалить или выставить на них индикаторы удаления), это стандартная процедура архивирования, о ней подробно в хелпе написано.

ВИ присвоен коллектору. Это система отражает, что не присвоен.