Добрый день. Проведена сч.ф. поставщика - 2 бух. документа (Дт 16 Кт 60, Дт 10 Кт 16). При сторно (кредитовое авизо) только один документ - Дт 60 Кт 16, обратной проводки по 10 счету нет. В чем может быть причина? Где это настраивается?

16-й счет это у вас счет ПМ/ПС (WRX) или счет отклонений от цены закупки (PRD)?
Судя по проводкам, все же ПМ/ПС.
Не понятно тогда, у вас фактура сразу породила эти две проводки?

Скорее, сначала было поступление Дт10 Кт16, потом фактура Дт16 Кт 60 (ну или наоборот, не знаю, как у вас разрешено).
Естественно, что если сторнировать фактуру, сторнируется только проводка фактуры.