Здравствуйте,
помогите, пожалуйста, разобраться.
Каким образом можно включить работы подразделения в стоимость покупного материала?

создаете CO-производственный заказ на этот материал
списываете этот материал на заказ
отпускаете на него работы, выпускаете этот же материал с заказа
рассчитываете заказ

тут только одна проблемка возможна, если у вас фактический тариф работ поменяется, то нужна будет дооценка заказа в конце периода, соответственно и дополнительный расчет заказа, но если нет регистра материалов и материал не ведется по цене 3S, то в случае отсутствия запаса материала на складе в этот момент, сумма расчета заказа уйдет на счет отклонений и не включится в стоимость материала...

Есть РМ, и материал ведется по 3S. А разве возможна дооценка СО-производственных заказов?

да, возможна...
в данном случае, проблем возникнуть не должно, если только у вас не очень большие отклонения от нормативной стоимости, в противном случае при многоуровневом расчете регистра материалов, возможен разрыв цикла по причине отрицательной стоимости.