На этот вопрос отвечает нота 2487659, вот рекомендация:
Archive all the 'wrong' serial numbers that are not synchronous with the equipment number.
Change serialization level to '1' in material master transaction code MM02.
Но вообще, если смотреть по коду там вот такая выборка для проверки:
Code:
SELECT COUNT(*) FROM EQUI
WHERE EQUNR NE EQUI~SERNR
AND MATNR EQ I_MATNR
AND SERNR NE SPACE.
То есть если вы выровняйте через функцию замены серийного номера (в меню Обработать - Функции Серийного номера) все серийники в соответствие с номерами ЕО, то и ошибка стрелять не должна.