Не видя системы сложно сказать почему именно у вас так работает.
Но первое что приходит в голову - посмотрите формулы, которые используются в рабочем месте для рачета мощности и календарного планирования.

Правильно я понимаю, что используя формулы можно определять не только количество часов (Или ЕИ мощности РабМеста) которыми будет нагружаться рабочее место, но и вид этих часов? В одном случае эти часы будут реливанты для транзакции СМ25 и она будет их видеть и сдвигать плановые заказы если в этот день рабочее место занято, а в другом как сейчас не будет видеть их как загруженные.

По логике должна быть настройка, определяющая, что заказы ТОРО, в которых прописано в позиции производственное рабочее место, релевантны для балансировки мощностей производственных рабочих мест.

Понятие "вид часов" не существует.
Для системы не принципиально чем нагружать мощность (ТОРО, РР, PS), т.к. с технической точки зрения это одни и те же объекты.

Для чего смотреть формулы - возможно что при календарном планировании система видит часы из РР заказа, но не видит часы из заказа ТОРО. Возможно эти часы ведутся в разных полях. А откуда смотреть часы - определяется формулой.
Но опять же... Это всё "гадание на кофейной гуще". Надо видеть "больного" чтобы правильно поставить диагноз и прописать лечение