Можно ли в ТОРО создать заказ и включить в него несколько единиц оборудования?

можно, в заголовке заказа есть закладка Объекты. Вот только придется поднапрячься, если нужно будет распределить затраты по этим включенным ЕО.

А при создании заказа указывать любую единицу оборудования из моего перечня?

...или не указывать вообще.