Коллеги, вопрос возможно к ММ, но думаю вас он тоже касался.
Как правило кладовщика интересует только движение материала, а не связанное с этим движение в бухгалтерии. Бухгалтерские проводки делает обычно другой человек, например экономист цеха. Причем этот процесс именно двух-этапный, делается разными людьми.
Но в ММ, когда мы делаем движение материала (например списываем на ремонт) одновременно создаются бухгалтерские проводки.
Можно в данном случае в системе просто не отражать отпуск материала со склада кладовщиком, а делать проводки уже на этапе работы экономиста цеха.

А можно ли как-то в системе вначале отражать факт отпуска материала со склада, а потом уже вторым этапом делать чтобы в системе рисовались проводки?

Нет так нельзя сделать.

Но иногда на проектах резервирования, исходящие поставки делают по факту как раз кладовщики, а проводки уже бухгалтера. В этом случае можно настроить проверку доступности и зарезервированное количество материала уже нельзя будет включить в другие документы.