Если настроить документы приходящие из других модулей согласно логике указаного ФМ, тогда "сложная корреспонденция" нормально разбирается. В том числе и амортизация.

Так как немного знаком со Сбытом, на 99% уверен, что используемые в сбыте на широкомасштабных производственных проектах схемы калькуляции (читай схемы позиций проводок в FI) нельзя разобрать ФМ который берет позицию, потом обрабатывает следующие позиции, пока сальдо позиций не будет 0 и строит на этом корреспонденцию.

Для FI-AA есть нота 1091477, которая, вроде бы, позволяет при расчете амортизации ОС формировать документы с максимум 2 позициями, но не знаю, работает ли она.

И IS-U, как мне кажется, не сможет сделать "правильные" проводки.