Всем привет.
Ответьте пожалуйста, какие настройки должен формировать аддон по налогу на прибыль для фи-сл? Т.е. должны ли автоматически формироваться регистры JT,JC и т.д.? Абаповские юзер экзиты U98 и др.?

Решение по налогу на прибыль в сосотав адд-она не входит. Читайте документацию к адд-ону - там же все ясно написано.