Как-нибудь настраивается перенос (точнее, создание позиций) в зависимости от условий, например, от вида счета? Или для каждой строки бух.дока жестко формируется строка SL-документа, даже если они совсем пустые и не нужны. По крайней мере, что-то я не нашла как создавать только нужные строки... Может подскажите?

Используйте правила выбора для операций в настройках регистра. Если результат проверки правила ложный, то строка в спецрегистрах формироваться не будет.

спасибо