У спецификации существуют несколько альтернатив, с помощью единичной обработки можно явно указать номер альтернативы, каким образом это можно реализовать в прогоне калькуляций?

Спецификацию, всегда используемую по умолчанию при создании калькуляции можно указать в ОЗМ, ракурс калькуляция.
Если единичная калькуляция ck11n, то там есть закладка "количественная структура", где так же можно указать спецификацию принудительно.
В прогоне калькуляции ck40n - никак...

уже поняли, придется настраивать варинт калькуляции и использовать не альтернативы а использование