в печатной форме ТОРГ-29 ТОВАРНЫЙ ОТЧЕТ есть поле "остаток на дату" в рублях. Как правильно сделать выборку (join) и из каких полей каких таблиц, чтобы получить эту сумму
1. в разрезе завода
2. в разрезе МОЛа (МОЛ не привязан к складу, т.е. выборка по пользователю который провел ОМ ПМ).

Если делать выборку путем анализа каждой входящей и исходящей фактуры, то с каждым годом отчет будет работать все медленнее. Быть может есть какая-то отработанная методика?

Хороший отчет по запасу на дату - это "филосовский камень" модуля ММ. Посмотрите FAQ по ММ, радел 2 вопрос 7.

Собственно сосчитать: взятьтекущий остаток и обратным счетом пересчитать все движения.
в принципе могу дать данный отчетик, так как занимался данной задачей.