А еще возник вопрос:
тр. SLG1 - это журнал различных приложений.
А как понять когда он создается ?
И как его можно создавать самим например ?

Любое приложение (в том числе на z*) может записать туда сообщения, есть специальные ФМ, и сказать вам "См. журнал".
Но это уже другая тема для форума по ABAP.

Выполнение программы FAGL_DELETE_RELOAD_LEDGERS ничего не дало.
Он вывел пустой журнал.
и не понятно что он делал - выполнял ее он очень долго.

Может еще есть соображения.
Как документы без позиций можно исправить ? И можно ли в принципе ?

Напишите подробно, в каких таблицах и что лежит, или не лежит.

Заголовок документа в таблице BKPF - есть, а позиций в таблице BSEG - нету.

Другие таблицы, какие-то интересуют ?

Как то странно идет тема, начали с баланса, FAGLFLEX*, а пришли к BSEG...

- в транзакции FAGLL03 за аналогичный период другая...
- Неконсистентны таб. FAGLFLEXA и FAGLFLEXT?
- Да, я тоже предположил неконсистентность таблиц...
- Когда в FAGLFLEXT была сумма, а в FAGLFLEXA не хватало одной позиции документа, я:
- Выполнение программы FAGL_DELETE_RELOAD_LEDGERS ничего не дало.
- Заголовок документа в таблице BKPF - есть, а позиций в таблице BSEG - нету.

Тут вам уже ничего не поможет кроме удаления остатков документа.
Есть еще программа RFINDEX, или она что-то почистит, или руками...

Спасибо, за совет.

Некорректные документы по фактурам перепровел. Указанной программой удалил и провел заново, но вопрос в следующем сч. 66 формируется на основании ручных проводок. Как определить неправильные ручные проводки ?

Добрый день.
Проблему нашли.
Оказывается бухгалтера исправляли 2009 г. и соответственно сальдо заново не перенесли.