В SPRO все настраивала по хелпам для вида поставки и для вида фактуры. Где еще нужно глянуть или хотя бы какие именно описать.

Если я правильно понял то вы фактурируете транзакцией VF04, так там после того как вывались поставки, вы их выделили нажмите кнопку "моделирование", после этого вы попадёте в счёт фактуру если формируется один счёт, либо появится список из счетов если в одну поставки не объединяются. В последнем случае выделите две счёт-фактуры (три и более нельзя) и нажмите кнопку "раздельный анализ", там вы увидите какие различия в поставках не позволяют объединить данные поставки в один счёт. А далее уже либо ликвидируйте различия, либо настраивайте формирование счёт фактуры чтобы именно эти различия не анализировались при создании счёт-фактуры.

Метод действенный, проверено электроникой

При фактурировании нескольких поставок транзакцией VF01 принцип анализа тот же.