Я что то не улавлвиваю. насколько я понимаю, у вас метод реализации "по оплате", и вы сперва ставите N0, а по факту оплаты переносите исх. НДС на NA. Для книги покупок используется цепочка S2->S9 -> ваш код НДС для подтв.экспорта. никакого противоречия нет.

используется метод реализации по отгрузке. в этом и противоречие.

тогда что является основанием для переноса с N0 на NA? Каким образом rfum25 понимает, что вы собрали документы для экспорта и можно переносить НДС? Я так подозревал,что Rfum25 отслеживает только факт оплаты, но никак не документальное подтверждение экспрота.

Основанием для переноса является как и всегда - выравнивание исходной фактуры. Фактура выравнивается с платежом только в момент подтверждения экспорта. Т.е. с точки зрения RFUM25 все корректно. А вот как в книгу продаж поместить отложенный НДС?