Может кто-нибудь уже сталкивался с такой проблемой, что при оприходовании излишков нужна различная контировка (МВЗ) в зависимости от склада на котором проводится инвентаризация, счет один и тотже.

К сожалению, при проводке инвентаризационных разниц указать контировку нельзя.
Одно из решений, на мой взгляд, использовать в качестве корреспондирующего счета какой нибудь забалансовый счет, не объявленный видом затрат. Затем обычной бухгалтерской проводкой переносить сальдо с этого счета на нужный затратный счет с указанием объекта контировки.
Варианты создания такого документа могут быть совершенно различными:
- вручную,
- полуавтоматически через запуск пользовательского отчета
- автоматически в момент сохранения бухгалтреского документа по проводке инвентаризационных разниц

Или таки написать пакетник чтобы разницы списывал/приходовал не стандартными 7++ видами движения а какими либо своими на основании 201 и транзакции mb1c