Настроил выдачу-деблокирование заказа на поставку, но выдача происходит на уровне заголовка,т.е. я не могу как в заявке выдать отдельные позиции.Так и должно быть? или что-то не донастроил, хотя в меню есть строка(me29n) деблокирование по отдельности.

Да у заказа на постаку, контракта и запроса деблокирование толлько на уровне заголовка.