Есть 2 материала ( WERB и FERH). Первый БЕИ = КОРоба, второй БЕИ = ШТ.

Можно ли в рамках одной БЕ двинуть из второго в первый, или пусть заводят как надо было в КОР FERHи и 309 без потусторонних возмущений работают. Или есть какое-нть волшебство?

Ну если сторнировать много очень до ПМ, то можно списать на тех. счет, а затем с него оприходовать др. материал на ту же сумму.
309 умеет работать только с одинаковыми БЕИ.