При выборе материалов из справочника нужно не выводить материалы, помеченные на удаление.

Перепиши средство поиска И прикажи всем только им и пользоваться. Или запускай архивацию каждый месяц, они и удалятся в архивный файл

Зачем "перепиши"? Если не ошибаюсь, средства поиска можно и так модифицировать... без ключа... Поэтому просто добавь на экран средства поиска ограничение по метке удаления и все. Даже заставлять не придется, нужно только показать...
Мы еще такие материалы в названии исправляли, например, все помеченные на удаление начинаются с " - ".
Но это чревато тем, что очередной пакет поддержки может убить "волшебную возможность".

Большое спасибо. С наступающим Новым годом! Всех благ!