При вводе счета-фактуры при поступлении импорта возникает разница в стоимости по счету в грн между первичным документом (ГТД) и суммой по счету в грн в системе, а именно сумма по счету в грн в первичном документе рассчитывается как сумма в EUR умноженная на курс валюты на дату таможенной очистки, в системе же сумма по каждой позиции умножается на курс валюты. Из-за округлений по позициям возникает разница в итоговой сумме.
Кто поборол такую проблему???

Сталкивался с подобной проблемой. Дело в том что курс устанавливается в формате 4 знака после запятой, а валюты в документах видимо у вас настроены 2 знака (в частности EUR). Для того, чтобы не было проблем при обратном пересчете из EUR в грн мы реализовывали, чтобы у позиций в EUR было 4 знака после запятой.

В системе курс с 5 знаками после запятой - это не решает проблему

Дело не в курсе, а в количестве знаков после запятой в позициях выраженных в валюте.