Резюме:
в исходящем IDOCе все данные передаются правильно: есть и сумма, и сумма налога, и код налога.
Все настройки по контролю счетов и EDI сделаны.
Но в заголовке входящего документа счета-фактуры сумма налога не проставлялась. Также не проставлялась галка расчет налога в заголовке.
В результате с помощью экзита проставили галку расчет налога в заголовке входящего счета фактуры и все заработало.
Теперь у нас нормально создаются ММ документы входящего счета-фактуры с помощью EDI:)

Ну, хорошо, раз так.
Только пообращайте внимание - в ряде случаев галка "расчет налога" может сыграть злую шутку и суммы налога в исходящей и входящей фактуре могут разойтись... а могут и нет...
Просто поприсматривайтесь.

Спасибо за совет:)
Буду это отслеживать