Подскажите в чем проблема:
используется условие NAVS с последовательностью доступа
в mek3 заведены параметры доступа к условию

например:
KOMK-LAND1 RU
KOMP-TAXIM 2
KOMP-MTART DIEN
ставка 18, код R1

запись условия находится в заказе, ставка 18%, но код НДС P1 - не тот...

смотрю в заказе по коду НДС, там определяется схема taxru и по условию MWVS находится запись:
KOMK-ALAND RU
KOMK-MWSKZ P1

в настройках по последовательности доступа к MWVS R1 тоже настроен по таблице "Страна-код НДС"

не пойму в чем дело

Т.к. у вас определено 2 последовательности доступа, то вначале определяется код НДС по тому, условию которое приоритетнее (определилось раньше)

Удалите в MEK2 запись условия по таблице "Страна-код НДС" и тогда определится в заказе код R1
Либо, если это условие тоже кому то нужно, разруливайте схемами калькуляции, чтобы у вас условие "Страна-код НДС" не обрабатывалось.