Слышал можно сделать группы закупок зависимыми от ЗО, на подобие складов от заводов. Но в настройках нигде не нашел. Может приснилось

Ну в стандарте ГЗ не привязывается к ЗО. Об этом в курсах говориться.

Если вопрос стоит в том, чтобы разграничить права юзеров, то соответственно это можно сделать именно через разграничение прав (т.е. определить каждому закупщику с какими именно ЗО и ГЗ он сможет работать) - это стандарт. Ну и само собой всегда можно сделать соответствующие проверки в экзитах.