Подскажите как связать счет-фактуру поставщика и документ оплаты к этой фактуре.

Обратись к FI-щикам, такая связка делается с помощью документов выравнивания счета кредитора (F-44)

Этот вопрос, в принципе, обсудили в форуме по FI. Кому интересно, можно там посмотреть. Писал сразу в 2 форума, потому что тема смежная