Есть программа, в ней интерфейс сделан на Interactive Lists. В событии AT USER-COMMAND обрабатывается ввод пользователя. Просят программу переделать на ФМ. Как там отловить ввод пользователя?

На какой фм?
Если вдруг на REUSE_ALV_GRID_DISPLAY, то смотрите на параметры I_CALLBACK_USER_COMMAND и/или IT_EVENTS

Я так понимаю надо программу переделать в свой ФМ, чтобы вызывать ее из разных транзакций в системе.
Я бы сделала ФМ, в котором вызвала бы отчет submit ... and return, а нужные параметры на выходе ФМ получила бы с помощью export to memory в программе и import from memory в модуле.
Может можно еще как-то просто и красивее, но мне сейчас в голову приходит только такой простой вариант.