Есть ли возможность отключить предупреждение системы "Регистр ххх не является настоящим РегистромСведен, в нем возможны проводки", которое выскакивает при проверке сведения?

Разве что на время только, речь идет о JN? В нем и сведения и проводки

Если это вы хотите сделать, чтобы работала "Цепочка налоговых перерасчетов" из ТПР по НУ, то нужно просто перенастроить регистры и версии так, чтобы данные нормативов брались сведением, например, из JT, и записывались в JN. А в JN, соответственно, запретить ручные проводки.

"На время" это как?

А без перенастройки регистра никак?

У меня не получилось без перенастройки.
Можно разделить цепочку, наверно, запускать JN отдельно

я по-другому никак не придумал - тем более, что изменения там минимальные получаются. Зато все красиво работает.

Это форматы планирования переделать под JT? Или просто нормативы вводить ручной проводкой в JT?

ну да - чтобы формат планирования писал данные в какую-нибудь версию JT.
А JN чтобы собирало эти плановые значения в себя, где они должы были быть введеными вручную...