Три года назад были введены банковские данные по контрагенту (БИК + Банковский счет + Наименование банка). БИК был указан некорректно. На сегодняшний день необходимо исправить БИК и ввести правильный, но с тем же значением Наименования банка. Но в таком случае к одному значению Наименования банка в таблице BNKA будет два разных значения БИК. Пробовали ставить метку удаления (FI06) по некорректному БИКу, но при проведении проводок по контрагенту указываем Тип банк партнера с помеченным на удаление БИКом и никакой ошибки не выходит. Можно ли как-то удалить старое значение БИК или перебить, не создавая второй записи?

Если быть точным - то контрагенту внесли Идентификатор банка + Банковский счет + Идентификатор банковского счета контрагента
Идентификатор банка - это сочетание "Страна банка + Ключ банка".
Банковский счет - это сочетание "Счет + КонтрКлюч"
Идентификатор внесенного банковского реквизита - это поле "Тип банка-партнера"

Как правило ключ банка совпадает с БИК. Но не всегда. Сам БИК, помещаемый в платежки, вносится в поле "Код банка" (BNKA-BNKLZ).

Так что же у Вас за ситуация? БИК неправильный? Так перебейте его в ОЗ банка (поле Код банка). Или же Ключ банка неправильный (что скорее всего)?

Если ключ неправильный, то как же тогда бухгалтерия пользовалась этими реквизитами?
Если не пользовалась, то просто измените ID банка на нужный в реквизитах контрагента не меняя ни Тип банка-партнера, ни банковский счет.

Проблема заключается не в том как исправить, а то, что в таблице будет два разных ID банка с одинаковым наименованием банка.

Пометьте один из них на удаление. Чтобы физически удалить запись, можно воспользоваться архивацией (тр. SARA), сам никогда не пробовал.
Что с того, что будет еще одна запись с ошибочным ключом, помеченная на удаление? При внесении платежных реквизитов контрагенту поиск банка осуществляется не по наименованию, а по БИК-у. Или у Вас по-другому?

Ну, если совсем не нравится наличие двух одинаковых записей с одним названием, то у помеченной на удаление исправьте название на "ОШИБОЧНАЯ ЗАПИСЬ В СПРАВОЧНИКЕ БАНКОВ" или что-то похожее. Перед этим, кстати, проверьте, а не используется ли этот банк каким-либо дебитором, кредитором, сотрудником (в HR-системе) и в справочнике собственных банков.