SAP BW Подскажите можно ли уже на залитых данных делать изменения структуры, например добавлять новые признаки, которые будут использоваться при последующем заполнении данными.

Можно, но зависит собственно от модели хранения данных. Иногда это просто, иногда не очень.
Вообще для BW есть своя ветка....