Несколько раз инициализировал запас 2LIS_03_BX (11 записей), теперь экстрактор выдает более ста записей. Вопрос где и как "прибить" лишние записи?

настроить в инфоисточнике для цели данных удаление дублирующихся записей и все будет ок по идее

Необходимо просто удалить содеожимое настроечных таблиц LIS перед повторной инициализацией. Для этого в исходной системе можно воспользоваться программой RMCSBWSETUPDELETE или вызвать ее из меню SBIW для области 03. После этого необходимо повторно (только один раз) провести инициализацию остатков, движений и переоценки материалов для каждой балансовой единицы. Если не понятно - пиши письма, я сюда редко хожу.