Ведется учет по партиям.
Позволяет ли он получать отчет (хотя бы пользовательский) о прибылях и убытках по конкретной партии?

Не позволяет, поскольку себестоимость считается в разрезе склада.
Пользовательский отчет, конечно возможен, но это очень не тривиально. Опять же дополнительные затраты на партию не наложишь

ИМХО данными из OIBT/ITB1/OINM можно обойтись + связи с документами оттуда же.
А стандартный отчёт, как известно, в качестве аналитического разреза использует Проекты и ЦУ, которые с партиями связывать нелогично.

Если затраты на пользовательский отчёт приемлимы, то флаг (читай, Query Analyzer) в руки и с песней!

Хорошо. А можно ли ссылаться на партии при вводе банковских расходов (бух. проводки), закупке услуг?

Могу предложить (хоть, чес лово, самого воротит от такого совета) использовать польз. поле, к которому привязать FS onStock-партий

И чего будет?