Как будет выглядеть в HR разделение предприятия, если часть сотрудников уходит в новое юр. лицо, а часть остается на прежднем месте работы.
Какая история должна остаться в HR у нового юр. лица на новом сервере?

Если оставлять историю о орг. присвоениях в новом. юр лице будет болтаться старая БЕ.

Были ли преценденты по разделению компаний в РФ при внедренном модуле HR?

По моему, если часть компании выделяются из старой и отношения к ней больше не имеют, то надо выкачивать данные и делать новый проект, новое внедрение и загрузку данных с мероприятием типа "Прием на работу" с даты разделения . Если важно сохранить стаж , типа стаж в Газпроме , то можно его выгружать из старой системы и загружать в новую в 0294 ИТ в Трудовую книжку или в 0552 ИТ. Там в 0294 можно и должность старую указать . В старой происходит просто увольнение по той причине, которую будут в трудовые книжки писать.
Естественно в новой системе будет новая БЕ и все настройки для нее надо копировать, начав с разделов подразделов персонала . Наверное часть настройки можно использовать , если оставить те.же группировки

согласно статьи 75 Трудового Кодекса РФ «при изменении подведомственности (подчиненности) организации, а равно при ее реорганизации (слиянии, присоединении, разделении, выделении, преобразовании) трудовые отношения с согласия работника продолжаются». Таким образом, в трудовых книжках будут проставлены только печати о переименовании, в результате реорганизации.
А увольнять народ не будут.
Конечно в базе источнике данных все должны быть уволены.
А в новом образовавшемся Юр. лице остаются работающими. Не получится так, что мы в новой базе приняли людей с даты образования Юр. лица, а они должны были ввести их с реальной даты приема на работу? Не повлияет ли это на стандартную отчестность или на что-нибудь в таком роде?

В налоговую и в пенсионный какая организация будет отчитываться по этим людям ? Причем тут вопрос о 2- периодах - до разделения и после , возможно до разделения старая, а после вторая .
Тогда , например для отчета по ПФ надо чтобы стаж работы на новом месте шел с даты разделения

А как быть с отпусками?

А как нужно?
Можно всем переходящим скомпенсировать остатки при увольнении и начать историю заново с даты перевода.
Можно в 41 Ит указать нужную дату начала отпускного года и перекачать остатки лимитов .
Это вопросы не к системе, а к бизнесу, юристам, кадровикам. система может как угодно