Обнаружил в системе записи в BSAS c крестиком в поле выравнивание отменено (XRAGL).
Отчет по отдельным позициям показывает их как выровненные.
Это баг или фича?

Если такая позиция есть в BSAS - значит она выровнена (снова).
То есть их там как минимум две - одна с отмененным выравниванием (та, на которую ты и смотришь), другая - без отмены (AUGBL в этой позиции имеет другой номер).

То есть на одну позизицию документа в bsas может быть 2 записи? У себя в системе не нашел.
В моем случае AUGBL = BELNR.

В твоем случае AUGBL видимо еще выровнен (другая его позиция) и при отмене выравнивания не удалось его сторнировать - метка XRAGL проставилась, но от этого он не перестал быть AUGBL.

Был сторнирован документ созданный транзакцией FB1D, сторнировали через FB08. Оба документа из 2 позиций. Документ выравнивания AUGBL во всех 4 позициях - сторнирующий. В первых позициях xragl пустой во вторых заполненный. В BSE_CLR документы ссылаются только друг на друга.Вот такая вводная.

Вот теперь всё понятно.
Юзер взял и сторнировал дебиторский документ. Я могу только предполагать: сторно было проведено ошибочно, т.е. его не надо было проводить, а юзер провел. Потом об этом пожалел, но сторнировать сторно нельзя, и он просто решил отменить выравнивание этого сторнирующего документа (когда сторнируешь, сторнируемый документ выравнивается сторнирующим документом). Этого делать нельзя!
Но система к сожалению не проверяет - по какому документу отменяется выравнивание. Это глупость полная отменять выравнивание сторно. Нужно создавать новый документ вместо сторнированного.
Я сам сейчас проделал такие "некорректные" действия и у меня получилось, то о чем ты написал в своем первом сообщении.
Вывод: нужно как-то (организационно или проверками) закрывать возможность отмены выравнивания документов сторно.

Cпасибо, будем разбираться.

Оформляйте Customer Message на SAP Service Marketplace. Баг сие, а не фича.