В отчете - тр.CN41 стоимостные показатели, например плановые затраты, представлены двумя столбцами с индексами 000 и 001. Значения присутствуют только в 000. Что такое 001?

Оно не используется.....
У меня круче ... при сохранении все затраты пересчитываются... не корректно .. перемножаются на какой-то коэффициент.. Актуализация не помогает...Что делать?

Это выбранные (или "000" и "001" по умолчанию) версии плана.
Выборать вручную версию плана: Параметры настройки - представление значений - плановые версии.