Если у Вас такая активная работа с файлами, то имеет смысл посмотреть вот в эту сторону.

Делать то бэкапы просто, только восстанавливать, если используешь юниксовый backup/restore муторно. Типа восстанови годовой инициал, а потом инкрементные по очереди месяца, недели, дни.

Ага, особенное приятно это делать 31 декабря
Правда никто не мешает написать скриптик, который вычисляет,
что именно нужно восстанавливать.