Создал транзакционный куб. Закачал в него данные из R/3. Теперь хочу, чтобы один показатель заполнялся вручную. Создаю формат ввода. При этом в нем отражаются только то содержимое куба, которое было введено через BPS, а то, что было закачено из R/3 нет.

Подскажите, как добиться, чтобы в ручном вводе отражались данные из R/3 и для них можно было изменить значение показателя? Или это нужно реализовывать как-то иначе?

Проверяйте ограничения на уровне и пакете, очень внимательно. Если в куб что-то загружено - данные там будут, и будут доступны на формате планирования.
И не забывайте - показатель типа DATS не отображается в BPS ни при каких обстоятельствах (не знаю насчет 7 версии, но в 3.5 - точно)