Добрый день!

Подскажите пожалуйста, как можно настроить проверку при вводе документов в FI-SL, чтобы она отсеивала часть документов, поступающих из FI. Сейчас она у меня отсекает только не нужные документы вводимые вручную в FI-SL (тр. GB01), а движения поступающие из FI попадают в FI-SL целиком.

Вариантов много!
Настройка на уровне иерархии критериев выбора.
Настройка на уровне присвоения операций.
Настройка на уровне правил выбора регистра.
Для каждого варианта много способов, включая ABAP.

Не пробовали при настройке критериев отбора в иерархии использовать правила

Простите за дилетантский вопрос. А что такое иерархия критериев выбора или отбора?

Если иерархия критериев выбора это тр. GGB0. То в ней я все настроил (для FI-SL), но проблема в том, что проверка выполяется только при вводе ручного документа в FI-SL (тр. GB01), а при онлайн проводке из FI моя проверка не вызывается

Должен Вас огорчить!
Иерархия элементов налогового учета - Реализованная в среде продуктов mySAP.com структура расходов и доходов в соответствии с требованиями Главы 25 НК РФ, расширяемая клиентом при внедрении проекта. Узлом иерархии является элемент налогового учета. В соответствии со структурой расходов и доходов элементы налогового учета более низкого уровня являются подчиненными элементов более высокого уровня.

Ну а для начала прочтите ТПР!!!

Исходя из первоначального поста, коллеге скорее всего необходимо освоить работу с правилами выбора регистра. Именно они отвечают за то, переносить документ или нет. Иерархия нужна, если речь действительно идет об использовании ТПР, о чем skv не пишет.