Добрый день!
Для удаления лишней БЕ понадобилось удаление переменных данных в системе. После удаления запустили отчет J3RKOBS - не все обороты удалились, но проваливаясь в документ, система пишет "Документ не существует или уже заархивирован". С чем может быть связано неполное удаление данных по счетам?

Удаление оборотов не прошло по тем суммам, по которым в столбцах Сал., Д.О., К.О. стоит Error. С чем это может быть связано, может быть документы не были интерпритированны? В связи с этим удалились документы, а позиции остались, такое возможно?

Это уже вторичный признак. Система удалила обороты в стандартных таблицах. Транзакция J3RKOBS сравнивает обороты во внутренних таблицах "Кор.счетов" с оборотами в стандартных. В случае расхождений выдает ошибку. Т.к. все стандартные документы удалены и обороты сброшены, а во внутренних таблицах этого не произошло, у вас ошибка будет по всем счетам, по которым были ненулевые обороты по интерпретированным документам.