Столкнулся с отсутствием BAPI и вообще функций для реализации следующего: записываю результаты подсчета функцией L_INV_COUNT или L_INV_COUNT_EXT, а изменить подсчет нечем. Нет аналога LI12N. Кто-нибудь может сталкивался? как лучше выйти из ситуации?

Может быть FM:
L_BUCHEN_VERAENDERN
L_ZAEHLUNG_BUCHE
смогут помочь Вам. К сожалению, ни разу не сталкивался с данной областью.

оба модуля - модули обновления.. страшновато такое вызывать...

Batch Input - и аналог LI12N и не страшно.

к сожалению не получится Batch Input.... нет функций по позиционированию на нужной позиции...

Так на первом экране же есть "Позиционирование":
Страница
Позиция
Складское место

или это не то что нужно?

к сожалению - не то, пришлось через Z таблицу делать.