Столкнулся с аналогичной ситуацией. Вопрос с места не сдвинулся? Четсно говоря, не совсем ясно - если настроено разделение, то в разделенных документах приоритеты счетов отрабатывают?

приоритеты счетов также как и запрещенная корреспонденция в поддокументах отрабатывают. Т.е. сначала документ делится, а потом в соотвествии с пользовательскими настройкам или по основному алгоритму, если настроек нет.

Если, несмотря на то, что для интерпретирования поддокумента хватает настроек (приоритеты, табл корреспонденций), а он, тем не менее, не интерпретируется, то проблема может быть в следующем:
присутствуют разницы в твердой валюте или валюте концерна. Т.е. суммы Дт и Кт в какой-то из валют не равны. В моем случае причина была именно в этом.