А почему ПП заказы не рассчитываются транзакцией KO8G. Но можно расчитать через, CO88, в которой никак нельзя ограничить перечень заказов для расчета. Почему так?

потому что для этого принято использовать KO88 (отдельная обработка) )

Ну так а как быть, если я хочу рассчитать все закрытые заказы? Не по одному ж их переберать?

Выход прост - писать свою!

можете собирать затраты на коллекторе и не заниматься расчетами заказов вообще

А как на коллекторе фиксировать отклонения для расчета себестоимости?

спросите в модуле CO или почитайте в хелпе:
Контроллинг - Учет по носителям затрат - Периодический контроллинг затрат на продукт - Коллектор затрат на продукт;
Закрытие периода в периодич. контроллинге - Вычисление отклонений