Как известно, по общему правилу зачет сумм НДС производится налогоплательщиком только при наличии счета-фактуры продавца. Однако формулировка абз. 1 п. 1 ст. 172 НК РФ прямо говорит о том, что вычет сумм НДС, удержанных налоговыми агентами в порядке, предусмотренном ст. 161 НК РФ, и перечисленных ими в бюджет, может производиться без счетов-фактур на основании любых иных документов, подтверждающих факт удержания и уплаты налога.
Кроме того, ст. 169 НК РФ, специально посвященная счетам-фактурам, предусматривает их обязательное составление только самими налогоплательщиками и не обязывает налогоплательщиков, исполняющих обязанности налоговых агентов, в тех случаях, когда он является покупателем товаров (работ, услуг, включая аренду), выписывать какие-либо счета-фактуры и регистрировать их в книге покупок и в книге продаж.
Правила ведения журналов учета полученных и выставленных счетов-фактур, книг покупок и книг продаж при расчетах по НДС, утвержденные Постановлением Правительства РФ от 2 декабря 2000 г. N 914, также напрямую не обязывают налогоплательщиков, исполняющих обязанности налоговых агентов по НДС, выписывать какие-либо счета-фактуры и регистрировать их в книге покупок и в книге продаж.
Право на зачет в таких ситуациях сумм НДС без наличия счетов-фактур было подтверждено и Конституционным судом РФ.