В транзакции OMJJ настроить вид движения 101 - указать там диалоговый режим создания партии материала. 
Еще надо настроить транзакцию MIGO - чтобы появился экран партии.
Тогда при поступлении возможно создать партию материала(в зависимости от нумерации партий- внешний номер или внутренний) 
А уже в признаки партии вносить результаты из сертификата. Тогда при решении об использовании можно глянуть - что было в признаках партии раньше(при поступлении) и чем мы их заменяем после регистрации результатов. 
И исходя из этого можно делать вывод контролерам - принимать или скандалить...  
 
Номер входящего сертификата можно вести как признак партии... конешно это не очень удобно... но все-же решает проблему...
Сканированные копии в отчетах разумеется увидеть нельзя. А вот есть или нет - можно... это вопрос уже не к модулю а к АБАПерам... логика алгоритма вставления этой инфы в отчет прослеживаема.