При вводе платежа система не ругается, ошибки, подобной вашей не возникает.
В настройках - НДС-отдельно

Вообще ошибок сейчас нет. Просто при Fmf0 система видит не все счета-фактуры. Что не так в случае с взаимозачетом - я не понимаю.. Может быть неверно проводим взаимозачет в системе? Поделитесь, пожалуйста, как вы проводите эту операцию?