Проблема заключается в следующем - У нас валюта компании KZT и все БЕ настроены во ВВ=KZT. Валюта концерна в системе USD. Сейчас настраиваем новую БЕ у которой все фин.операции проходят в валюте RUB (Рублях). Теперь думаем настроить данную валюту RUB как вторую Валюту концерна. Подскажите пожалуйста можно ли настроить Вторую Валюту концерна RUB только для одной новой БЕ. Как это сделать и какие последствия??

А зачем вы дублируете валюты? Вторая и третья валюта, обычно, используются для целей консолидации, а у вас все БЕ ВВ=KZT и валюта компании KZT... какой смысл?! Разный тип курса?
Концерну две валюты присвоить нельзя. Возможно, Вас устроит такой вариант: создаете ещё ону компанию с валютой RUB и присваиваете её тем БЕ в которых хотите иметь RUB ещё одной валютой учета.