Возможно ли при распределение в режиме "Переменные доли" использовать разные элементы в ссылочной базе и в получателе?
Например, база распределения хранится на U1, U2, U3, а получатели будут X1, X2, X3. Т.е. должно быть какое-то соответсвие база->получатель (собственно, система на это и ругается).

а к чему тогда вас будут относиться ссылочные показатели?

Ссылочные показатели это U1, U2, U3. Они относятся к X1, X2, X3.
Есть какой-нибудь способ задать соответствие?

В распределении вы указываете, что распределять (отправители) на что распределять (получатели), а ссылочная база - это какие-то дополниельные признаки, сопровождавшие при проводке получатели. Они могут быть любыми.

Хм, я всегда думал, что ссылочная база это и есть то, пропорционально чему мы распределяем.

Так и есть
Ссылочная база управляет процессом распределения, а именно: в каких пропорциях распределять сумму с отправителей на получателей.