Ага, понятно, видимо для автоматических сгенерированных проводок (НДС) система берет ПФМ с позиции расхода. У меня подобная ситуация случилась с автоматически генерируемым НИДом.
В этом случае согласен, очень удобно, не надо на позицию НДС наследованием(функциональностью новой ГК) прокидывать ПФМ (или МВЗ если ПФМ деривирует из МВЗ). В моем же случае, с НИДом, меня наоборот подобное срабатывание не устраивает .

Более того, ПФМ указывать на позициях с НДС не надо и из логических соображений, если у Вас расходных/доходных комбинаций УБ контировок будет несколько в фактуре (а на практике такое очень часто бывает), то сумма НДС должна пропорциально распределяться между этими вариантами

Так с такой задачей и сплиттинг(функциональность ГГК) без проблем справился бы, он бы разделил суммы НДС пропорционально суммам в позициях расхода/дохода и затем наследование без проблем бы просадило соответствующие ПФМ(МВЗ) на расплитованные позиции НДС.

сплиттинг в ГК разделит Вам суммы в своих собственных таблицах, не надо их путать с регистром УБ! Между сценарием их формирования есть связь, но если Вы поставите ПФМ насильно в позиции, то в УБ пройдет вся сумма на указанный Вами адрес, АКН и вся отчетность по УБ получит суммы без пропорционального НДС, в то время как в ГК и сплиттинговых таблицах будет все разбито по УБ-контировкам доходов/расходов - у Вас получится, что отчетность на регистрах FM и FI не сойдется + АКН отсчитает не по той сумме, что была реально потом уплачена

У меня ругается при проводке аванса выданного.
Позиции НДС генерятся автоматом. Дт 68 Кт 76.
Вроде все корректно настроено.
В чем может быть еще проблема?

проверьте на авансовом счете у Вас ФП с типом 30, ПФМ и т.д., на 51-м - 90/1 и на позиции с НДС отдельная ФП с типом 30 и без ПФМ

Все именно так.
Забыл сказать самое главное. Активировано обновление платежей онлайн и сплиттинг.
Помогла галка "Разделение докум.: переопределение внутр. деривации т/позиц." в настройке классификации счетов.
Поставил ее напротив 60-х счетов авансов.

Кто объяснит, какой смысл у этой настройки?

эта галка помогает определить сценарию сплиттинга, что работа идет именно с авансовым счетом, без нее для системы - это не полноценный аванс. Так, кстати, было не всегда в ERP2005, но после определенного пакета, такая жесткая завязка на эту настройку появилась. Так что теперь это стандарт

Теперь другая проблема.

Аванс в УБ отражается без НДС (что не есть правильно), а сумма НДС отдельно идет с типом значения 54 счет-фактура.
Т.е., например, провожу аванс на сумму 118 руб.
В УБ:
Тип знач. Вид суммы Сумма
61 100 100
54 100 18
54 200 -18 (это похоже онлайн обновление)
57 250 18 (это похоже онлайн обновление).

Обязательно ли ставить в позиции НДС с авансов ФП с фин.операцией 30?

Да, это правильно, НДС ведь тоже в УБ отражается, просто под типом операции KAVR (НДС), если надо можно ее в отчетности показывать вместе с авансом