Есть 2 индекса по полям:
1) п1, п2
2) п1, п2, п3, п4

Есть запрос с полями в условии WHERE п1, п2, п3, п4.

Не понятно почему используется индекс 1, а не 2.

А поточнее условие?! Должно быть EQ-сравнение и объединение по AND.
Но ситуация знакомая, сталкивался раньше. 1-й индекс явно избыточный, его нужно удалить.

Если база Oracle, то нужно собрать статистику по 2-му индексу.

Удалить индекс 1 нельзя, поскольку это первичный ключ. Статистику собирал, все равно то же самое. Думаю можно изменить порядок полей и т.о. вероятно будет использоваться другой индекс.

А зачем вам вообще тогда второй индекс? что-то мне подсказывает, что обращение по ПК к записи будет быстрее, чем по индексу.

А мне что-то подсказывает, что фильтрация по полям п3 и п4 не имеет смысла, поскольку п1 и п2 ПК.

Тогда давайте лучше конкретно, что за таблица, что за селект, как построен ваш индекс?