Подскажите, пожалуйста, как сделать, чтобы в позицию остатка в поле xref1 прописывалось значение поля xref1 выравниваемого документа при автоматическом выравнивании. Если выравнивание без остатка - все ок, а если с остатком все поля xref1 в образовавшемся документе остатка пустые

Попробуйте применить правила выравнивания
Путь в SPRO:
Финансы
Бухгалтерия Главной книги
Бизнес-операции
Выравнивание открытых позиций

Определение правил выравнивания
Присвоение правил выравнивания видам счетов

сделали абапом.