Господа, подскажите есть ли стандартный функционал для проведения и отслеживания индексации при повышении зарплаты приказом по предприятию. И как можно обьяснить виду оплат что он должен индексироваться (в прошлых месяцах), например при расчете среднего.

есть.
посмотрите ноту 1124874
и/или шаги настройки в SPRO Payroll: Russia--> Absences --> Absence Processing --> Determine Adjustments for Average Calculation